Museum Manyarejo merupakan museum yang dibangun sebagai bentuk penghargaan kepada warga lokal yang berkontribusi dalam aktifitas penelitian bersama ilmuwan atau peneliti yang mengeksplor potensi situs Sangiran.

Museum Manyarejo menampilkan sisi-sisi harmonis hubungan warga lokal dengan peneliti asing maupun dalam negeri, sehingga dapat kesimpulan bahwa warga lokal juga mendukung kegiatan penelitian yang dilakukan oleh peneliti asing maupun dalam negeri. Museum Manyarejo memiliki satu ruang pamer utama yang berbentuk indoor dan satu ruang spesimen ekskavasi yang berbentuk outdoor. Ruang pamer utama menampilkan Media audio visual yang memuat testimoni, keikutsertaan dan pandangan warga lokal terhadap penelitian arkeologis pun dapat dijumpai pada museum Manyarejo.

Museum Manyarejo yang menyuguhkan nilai kesejarahan berupa hubungan sosial antara warga lokal dan peneliti, menjadikan Museum Situs Sangiran dapat memberikan pemahaman bahwa ilmu pengetahuan lekat dengan nilai-nilai humanis yang terdapat atas kehadirannya diantara masyarakat.

Ruang pamer utama memilki banyak koleksi ikonik seperti Legenda Balung Buto dalam Babad tanah Sangiran, Peta pertama, alat-alat galian pertama Pusat Penelitian Arkeologi Nasional (Puslit Arkenas), spesimen tulang rusa dll. Sedangkan ruang spesimen ekskavasi berbentuk replika tanah galian yang dibentuk langsung dari tanah asli. Pengunjung dapat melihat langsung spesimen fosil yang masih menempel di tanah galian dan dapat mellihat secara realistis melalui kaca pelindung maupun secara langsung dari jarak dekat.