Klaster Ngebung merupakan salah satu Klaster di situs Sangiran yang memiliki signifikansi historis. Hal ini karena Ngebung menjadi lokasi penggalian pertama di Sangiran yang dilakukan oleh para G.H.R Von Koenigswald dalam menemukan jejak manusia purba yang menarik perhatian dunia.

Informasi mengenai eksplorasi ilmuwan atau peneliti dapat dijumpai pada museum ini, seperti penelitian yang dilakukan oleh geolog Belanda J.L.C Van Es pada tahun 1928 yang mengkaji pemetaan geologi di Jawa dan G.H.R Von Koenigswald seorang peneliti dari jerman yang juga melakukan penelitian pada tahun 1934 dan berhasil menemukan jejak manusia purba, yakni dengan adanya temuan yang salah satunya artefak berupa batu berukuran kecil yang berbahan batuan kalsedon dan jasper. Batu tersebut kemudian disebut sebagai Batu Inti yang berfungsi membentuk alat batu manusia purba.

Kegiatan eksplorasi dan penelitian tidak hanya dilakukan oleh tokoh ilmuwan asing, peranan generasi bangsa juga ditampilkan terhadap eksplorasi di situs sangiran, seperti Raden Saleh. Penggambaran kegiatan eksplorasi para ilmuwan ditampilkan  secara menarik, baik melalui visual maupun digital interaktif. 

Penggalian di situs Ngebung menjadi pemicu penggalian lanjutan di situs-situs lainnya, sehingga terekam dalam catatan sejarah arkeologi di Indonesia.

Memasuki Museum Ngebung, pengunjung disuguhkan tampilan ruang diorama dan tiga ruang pamer (Display Room) sebagai wahana edukasi situs manusia purba sangiran.

Ruang pamer pertama merupakan ruang pamer yang menampilkan berbagai perkembangan awal kegiatan eksplorasi dan ekskavasi arkeologis di daerah Sangiran dan sekitarnya. Ruangan ini berisi informasi seputar informasi para peneliti awal yang meneliti di kawasan Sangiran seperti J.L.C Van Es peneliti geologi, Eugene Dubois peneliti Homo Erectus, Raden Saleh sebagai pelukis dan kolektor fosil dan lainnya. Ruang pamer pertama juga menampilkan temuan fosil awal seputar fauna purba di Sangiran, koleksi lukisan Raden Saleh, Peta awal Sangiran karya Van Es dan replika Homo Erectus pertama yang dipresentasikan oleh Eugene Dubois di Eropa.

Selanjutnya, ruang pamer dua merupakan ruangan yang menyajikan informasi mengenai peneliti generasi selanjutnya. Pengunjung akan disuguhkan dengan perkembangan perjalanan dari penelitian G.H.R von Koenigswald di Sangiran dari kedatangannya ke Sangiran hingga bagaimana ia menemukan serangkaian temuan yang mengagumkan seputar alat-alat kebudayaan Homo Erectus. Banyaknya ragam temuan mengenai alat-alat kebudayaan yang ditemukan G.H.R von Koenigswald menjadikan Klaster Ngebung dijuluki sebagai Sangiran Flakes Industry. Ruangan ini juga menampilkan peran serta Raden Toto Marsono sebagai orang yang berjasa besar dalam penelitian G.H.R von Koenigswald. Masih di ruangan yang sama, pegunjung dapat mengenal peneliti-peneliti generasi selanjutnya meliputi Teuku Jacob, Raden Pandji Sudjono dan Sartono Sastromidjojo yang kemudian dikenal sebagai tiga Serangkai peneliti sangiran.

Sementara ruang pamer tiga ialah ruangan yang memaparkan informasi mengenai temuan megafauna gajah purba stegodon dan perkembangan penelitian di kawasan Ngebung. Ruangan ini menyuguhkan pengalaman melihat fosil gajah stegodon yang diberdirikan dan disusun secara realistik.

Lokasi klaster Ngebung yang berada di Desa Ngebung, Kecamatan Kalijambe, Kabupaten Sragen, merupakan lokasi yang menyuguhkan panorama menawan. Disamping sebagai wahana edukasi, pengunjung juga dapat menemukan spot foto yang keren untuk mengabadikan momen berharga di Klaster Ngebung ini.