Museum ini diresmikan pada tahun 1997 oleh Sri Sultan Hamengku Buwono X. Museum ini didirikan untuk mengenang almarhum Dr Yap Hong Tjoen dan Dr. Yap Kie Tiong pendiri Rumah Sa kit Mata Dr. Yap.

Museum ini memiliki koleksi berjumlah lebih dari 900 buah. Sebagian besar koleksinya berhubungan dengan peralatan kedokteran bagian mata, peralatan rumah tangga, foto, lukisan, buku dan benda-benda elektronik. Koleksi museum sebagian besar berupa peninggalan almarhum Dr. Yap Hong Tjoen dan Dr. Yap Kie Tiong. Koleksi unggulan adalah lukisan Dr. Yap Hong Tjoen. Koleksi piring sebagai penghargaan dari Kedaulatan Rakyat saat merayakan HUT yang ke 10, yang diberikan kepada Dr. Yap atas jasanya memberikan nama surat kabar harian berjudui”Kedaulatan Rakyat”