Pembangunan Monumen Yogya berskala nasional merupakan usulan Dr. Ruslan Abdulgani dan Bapak Marsudi, kemudian dilontarkan oleh Kolonel Soegiarto selaku Walikota Yogyakarta dalam peringatan Yogya Kembali yang diselenggarakan Pemerintah Daerah Tingkat II Yogyakarta pada tanggai29Juni 1983.

Pelaksanaan pembangunan monumen dilakukan pada tanggal 29 Juni 1985 dengan penanaman kepala kerbau dan peletakan batu pertama oleh Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paduka Paku Alam VIII. Diresmikan oleh Presiden Soeharto pada tanggal 6 Juli 1989 ditandai dengan penandatanganan prasasti. Monumen ini didirikan di atas tanah seluas 49.920 M2 dengan luas bangunan 17.247 M2. Sri Sultan Hamengku Buwono IX menetapkan lokasi dengan pertimbangan terletak di garis poros antara Gunung Merapi-Monumen Yogya Kembali-Tugu Pal Putih-Keraton langsung Krapyak- Laut Selatan.

Koleksi Museum Monumen Yogya Kembali berupa benda-benda mulia, replika, foto, lambang-lambang dan berbagai jenis senjata, bentuk evokatif dapur umum yang menggambarkan suasana perang kemerdekaan 1945 – 1949.