Museum Kretek merupakan gagasan Bapak Supardjo Rustam yang menjabat sebagai Gubernur Jawa Tengah pada tahun 1980. Museum ini kemudian dibangun oleh para pengusaha rokok yang tergabung dalam Persatuan Pengusaha Rokok Kudus (PPRK) pada tahun 1985. Museum kretek berlokasi di Desa Getaspejaten, Kecamatan Jati, Kabupaten Kudus dengan luas sekitar 2,5 hektare. Terdapat Rumah Adat Kudus dengan ukuran 8×10 meter persegi buatan abad 17 di bagian utara halaman museum. Museum Kretek Kudus diresmikan pada tanggal 3 Oktober 1986 oleh Bapak Supardjo Rustam yang sudah menjabat sebagai Menteri Dalam Negeri pada tahun tersebut. Pendirian Museum Kretek Kudus ditujukan untuk menggambarkan sejarah keberadaan awal berdirinya pabrik rokok di Kudus dari paruh awal industri kretek hingga dekade tahun 1990an.

Sejarah menceritakan bahwa untuk kepentingan promosi, seperti yang dilakukan Pengusaha Rokok Baltiga, Nitisemito, sekitar tahun 1917, sudah sangat maju dengan memobilisasi mobil hias, helikopter hingga pesawat terbang.Luar biasa bukan?Museum ini tidak hanya menyajikan sejarah mengenai Kretek di Kudus atau di Jawa Tengah, tapi menunjukkan bahwa perekonomian wilayah ini sudah mulai menggeliat sejak saat itu. Kita bisa belajar banyak hal dari ceritera perkembangan usaha Kretek di Indonesia dengan berbagai jatuh bangunnya sektor industri tersebut di Jawa Tengah khususnya.

Museum Kretek didirikan sebagai monumen yang menunjukan bahwa kretek berkembang sangat pesat di Tanah Jawa, khususnya di kota Kudus. Museum ini memperkenalkan sejarah kretek hingga proses produksi rokok kretek, mulai dari pembuatan secara manual sampai menggunakan teknologi modern. Museum Kretek merupakan satu-satunya museum rokok di Indonesia.

Terdapat 1.195 koleksi yang berhubungan dengan sejarah kretek di wilayah Jawa Tengah, yakni dokumentasi kiprah Nitisemito yang mendirikan Pabrik Rokok Bal Tiga, peralatan tradisional rokok kretek, foto-foto para pendiri pabrik kretek dan hasil produksinya, benda-benda promosi rokok di masa lalu hingga sekarang, dan termasuk diorama proses pembuatan rokok kretek. Museum ini juga memiliki aneka gerai rekreasi bagi berbagai kalangan. Museum kretek dikelola oleh Dinas Kebudayaan dan Pariwisata di bawah naungan Pemerintah Kabupaten Kudus.