Museum ini diresmikan pada tanggal 17 Februari 1988 oleh Menhankam Republik Indonesia Jenderal (Purnawirawan) Poniman. Pendirian museum ini diprakasai oleh Prof. Drs. H.R. Bambang Soeroto (Rektor I UPN), dan dimaksudkan untuk mendukung pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi, khususnya di bidang pengabdian masyarakat yang berkaitan dengan IPTEK Kebumian sekaligus ajang promosi bagi UPN “Veteran” Yogyakarta. 

Koleksi yang dimiliki berjumlah sekitar 1.252 buah, terdiri dari koleksi jenis mineral, batuan, bahan tambang, maket, foto, gambar-gambarkebumian, serta replika. Koleksi tertua adalah replika fosil Trilobit tetra/oka/crinoid berumur 570-230 tahun yang lalu. Koleksi unggulan berupa fosil kepala gajah purba (Maestodon, sp) yang diperkirakan hidup pada masa prasejarah.