Museum ini didirikan atas permintaan Ki Hadjar Dewantara yang dilontarkan dalam rapat pamong Tamansiswa tahun 1938. Beliau menginginkan tempat tinggalnya dijadikan museum untuk dikenang oleh generasi muda secara berkesinambungan. Keinginan tersebut ditanggapi dengan baik dan dilaksanakan setelah beliau meninggal pada tanggal 26 April 1959. 

Mulai tahun 1960 Tamansiswa berusaha untuk mewujudkan gagasan pendirian museum dengan mengikut sertakan calon petugas Museum Tamansiswa untuk mendapatkan pembekalan tentang pengetahuan dasar permuseuman yang diberikan olehKi Amir Sutaarga yang bertugas di museum Nasional Jakarta. Pak Amir merupakan keluarga dekat Tamansiswa bersedia datang ke Yogyakarta untuk memberikan pembekalan kepada grup Kepala museum lain kepala museum Sonobudoyo, museum TNI AD dan calon petugas museum Tamansiswa. Bertempat di Museum Perjuangan Yogyakarta yang berlokasi di Brontokesumo.

Pada tahun 1963dibentuk panitia pendirian museum Tamansiswa terdiri atas keluarga Ki Hadjar Dewantara, Keluarga besar Tamansiswa, dan Sejarahwan. Akhirnya museum Tamansiswa diresmikan dan dibuka untuk umum pada tanggal 2 Mei 1970 oleh Nyi Hadjar Dewantara, dan museum diberi nama “Dewantara Kirti Griya” merupakan museum khusus memorial. Koleksi museum berjumlah 3.000 buah yang meliputi perabot rumah tangga, naskah, foto-foto koran, buku, majalah, surat-surat serta naskah syair tahun 2003, karya Koh Hwat keturunan Cina merupakan koleksi termuda.