Museum ini diresmikan oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal12 Juli 2006 dengan misi:

Terwujudnya Museum Batik di Kota Pekalongan sebagai wadah untuk menggali, melestarikan dan mengembangkan batik sebagai warisan budaya bangsa Indonesia serta pusat informasi yang perlu dikembangkan, dibina dan dipelihara keberadaannya.

Adapun misi museum Batik Pekalongan adalah:

·Mendorong masyarakat Indonesia untuk peduli terhadap Museum Batik di Kota Pekalongan sebagai wujud turut serta dalam pelestarian budaya lndobnesia.

·Mendorong minat pengusaha I pengrajin batik untuk terus menggali dan melestarikan motif lama dan menciptakan motif baru.

·Melakukan kegiatan dokumentasia, penelitian dan penyajian informasi serta mengkomunikasikannya kepada masyarakat agar dapat dimanfaatkan sepenuhnya bagi kepentingan masyarakat yang lebih luas.

·Memperluas lapangan kerja dan pemasaran.

Koleksi batik yang dimiliki museum ini meliputi Batik dari Kraton, Batik dari Pesisiran serta Batik Nuasantara.