Museum Benteng Vredeburg menempati bangunan benteng yang dibangun pada tahun 1760 oleh Sri Sultan Hamengkubuwono I atas permintaan Belanda. Pada awalnya benteng tersebut keadaanya masih sangat sederhana. Tembok dari tanah yang diperkuat dengan tiang penyangga kayu pohon kelapa dan aren. Bangunan di dalamnya terdiri atas bambu dan kayu dengan atap ilalang. Tahun 1765 Belanda mengusulkan kepada Sultan agar Benteng diperkuat menjadi bangunan yang lebih permanen. Tahun 1767 pembangunan benteng dimulai dan selesai tahun 1787, diberi nama “Rustenburg” yang berarti benteng peristirahatan. 

Pada tahun 1867 di Yogyakarta terjadi gempa bumi yang dahsyat sehingga beberapa bangunan besar rusak termasuk Benteng Rustenburg. Bangunan benteng direnovasi dan namanya diubah menjadi “Vredeburg” yang berarti benteng perdamaian. Benteng Vredeburg secara resmi menjadi museum khusus Perjuangan Nasional dengan nama Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta sejak tanggal 23 November 1992. Koleksi museum Benteng Vredeburg antara lain, koleksi bangunan (selokan atau parit, jembatan, tembok/benteng, pintu gerbang, bangunan-bangunan di bagian tengah) , koleksi Realia (peralatan rumah tangga, senjata,naskah, pakaian, dll), koleksi foto, miniatur, replika, lukisan, dan benda hasil isnalisasi lainnya, koleksi adegan peristiwa sejarah dalam bentuk minirama.